كان أقرب اتصال بين البلدين من خلال التجار والمستكشفين. في وقت لاحق في منتصف القرن التاسع عشر ، سافر العديد من الممثلين من الولايات المتحدة إلى اليابان من أجل التفاوض على الاتفاقيات التجارية ، بما في ذلك العميد البحري ماثيو بيري في عام 1852 الذين تفاوضوا على المعاهدة التجارية الأولى و ال اتفاقية كاناغاوا. وبالمثل ، جاء وفد ياباني إلى الولايات المتحدة في عام 1860 على أمل تعزيز العلاقات الدبلوماسية والتجارية بين البلدين.
الحرب العالمية الثانية رأوا الدول تتأرجح ضد بعضها البعض بعد أن قصف اليابانيون القاعدة البحرية الأمريكية في بيرل هاربور ، هاواي ، في عام 1941. انتهت الحرب في عام 1945 بعد أن عانت اليابان من خسائر هائلة في الأرواح القصف الذري هيروشيما وناجازاكي و إلقاء قنابل حارقة على طوكيو.
في 14 أغسطس 1945 ، استسلمت اليابان مما أدى إلى احتلال من قبل قوات الحلفاء المنتصرة. عند السيطرة على اليابان ، رئيس الولايات المتحدة هاري ترومان عين عام دوجلاس ماك آرثر كقائد أعلى لقوات الحلفاء في اليابان. عملت قوات الحلفاء على إعادة بناء اليابان ، وكذلك تعزيز الشرعية السياسية من خلال الوقوف علنا إلى جانب الإمبراطور هيروهيتو. هذا مسموح
ماك آرثر للعمل داخل النظام السياسي. بحلول نهاية عام 1945 ، كان ما يقرب من 350.000 جندي أمريكي في اليابان يعملون في مجموعة واسعة من المشاريع.تحت سيطرة الحلفاء ، اتخذت اليابان تحولا ملحوظا تتميز به الدستور الجديد لليابان الذي أكد على المبادئ الديمقراطية ، والإصلاح التربوي والاقتصادي ، ونزع السلاح الذي تم تضمينه في الدستور الياباني الجديد. مع حدوث الإصلاحات ، تحول ماك آرثر تدريجياً إلى السيطرة السياسية على اليابانيين وبلغت ذروتها في معاهدة سان فرانسيسكو لعام 1952 التي أنهت الاحتلال رسميًا. كان هذا الإطار بداية لعلاقة وثيقة بين البلدين استمرت حتى يومنا هذا.
اتسمت الفترة التي تلت معاهدة سان فرانسيسكو بالتعاون الوثيق بين كليهما الدول ، مع بقاء 47000 جندي عسكري أمريكي في اليابان بدعوة من اليابانيين حكومة. كما لعب التعاون الاقتصادي دورًا كبيرًا في العلاقة مع الولايات المتحدة حيث زود اليابان بكميات كبيرة من المساعدة في فترات ما بعد الحرب حيث أصبحت اليابان حليفة في الحرب الباردة. وقد أسفرت الشراكة عن عودة الاقتصاد الياباني الذي لا يزال أحد أقوى الاقتصادات في المنطقة.