الفيضانات الكارثية على النهر الأصفر جرفت المحاصيل ، وأغرق القرويون ، وغير مجرى النهر بحيث لم يعد يلتقي بالقناة الكبرى. بدأ الناجين الجائعين من هذه الكوارث يعتقدون أن حكامهم المنغوليين العرقيين هم اسرة يوان، فقد انتداب السماء. عندما أجبر هؤلاء الحكام أنفسهم 150.000 إلى 200.000 من رعاياهم الصينيين الهان على الذهاب إلى مجموعة عمالية ضخمة لحفر القناة مرة أخرى والانضمام إليها إلى النهر ، تمرد العمال. تشير هذه الانتفاضة ، التي تسمى تمرد العمامة الحمراء ، إلى بداية نهاية الحكم المغولي على الصين.
جند أول زعيم للتوربان الحمراء ، هان شانتونغ ، أتباعه من العمال القسريين الذين كانوا يحفرون سرير القناة في عام 1351. كان جد هان زعيمًا لطائفة اللوتس البيضاء ، التي وفرت الأسس الدينية لتمرد العمامة الحمراء. سرعان ما قبضت سلطات سلالة يوان على هان شانتونغ وأعدمته ، لكن ابنه أخذ مكانه على رأس التمرد. كان كلاهما قادرين على اللعب على جوع أتباعهم ، واستياءهم من إجبارهم على العمل من دون أجر للحكومة ، وكرههم الراسخ لحكم "البرابرة" من منغوليا. في شمال الصين ، أدى هذا إلى انفجار في نشاط العمامة الحمراء المناهضة للحكومة.
في هذه الأثناء ، في جنوب الصين ، بدأت انتفاضة عمامة ثانية تحت قيادة شو شوهوي. كان لديها شكاوى وأهداف مماثلة لتلك الموجودة في شمال التوربين الأحمر ، ولكن لم يتم تنسيق الاثنين بأي شكل من الأشكال.
على الرغم من أن جنود الفلاحين كانوا في الأصل يتعرفون على اللون الأبيض (من جمعية اللوتس البيضاء) ، إلا أنهم سرعان ما تحولوا إلى اللون الأحمر الأكثر حظًا. لتعريف أنفسهم ، كانوا يرتدون عصابات حمراء أو هونغ جين، والتي أعطت الانتفاضة اسمها الشائع باسم "تمرد العمامة الحمراء". مسلحين بأسلحة مؤقتة وأدوات المزرعة ، لم يكن يجب أن يكونوا تهديدًا حقيقيًا للجيوش بقيادة المغول التابعة للحكومة المركزية ، لكن سلالة يوان كانت في الاضطراب.
في البداية ، تمكن قائد قادر يدعى كبير المستشارين توغتو من تشكيل قوة فعالة من 100.000 جندي إمبراطوري لإخماد شمال التوربان الحمراء. نجح في عام 1352 ، هزم جيش هان. في عام 1354 ، شن التوربان الأحمر هجومًا مرة أخرى ، وقطع القناة الكبرى. قام توغتو بتجميع قوة تقليدية يبلغ عددها 1 مليون ، على الرغم من أن هذا بلا شك مبالغة جسيمة. تمامًا عندما بدأ التحرك ضد التوربان الحمراء ، أسفرت دسيسة المحكمة عن رفض الإمبراطور توغتو. هرب ضباطه الغاضبون والعديد من الجنود احتجاجًا على إقالته ، ولم تتمكن محكمة يوان أبدًا من العثور على جنرال فعال آخر لقيادة جهود مكافحة العمامة الحمراء.
خلال أواخر الخمسينات وأوائل الستينيات من القرن السادس عشر ، حارب القادة المحليون للتوربان الحمراء فيما بينهم للسيطرة على الجنود والأراضي. لقد بذلوا الكثير من الطاقة على بعضهم البعض لدرجة أن حكومة يوان تركت في سلام نسبي لبعض الوقت. بدا وكأن التمرد قد ينهار تحت وطأة أمراء الحرب المختلفين.
ومع ذلك ، توفي نجل هان شانتونغ في عام 1366 ؛ يعتقد بعض المؤرخين أن جنراله ، تشو يوان زانغ ، قد غرقه. على الرغم من أن الأمر استغرق عامين آخرين ، فقد قاد تشو جيشه الفلاح للاستيلاء على العاصمة المنغولية في دادو (بكين) في عام 1368. سقطت سلالة يوان ، وأنشأ تشو هان جديد عرقيا صينى سلالة تسمى مينغ.