في مناطق معينة ، مثل جنوب الهند ، تمسكت الممالك الهندوسية بل ودفعتها ضد المد الإسلامي. كما واجهت شبه القارة الهندية غزوات غزاة آسيا الوسطى المشهورين جنكيز خانالذي لم يكن مسلما تيمور أو Tamerlane ، الذي كان.
كانت هذه الفترة مقدمة لعصر المغول (1526-1857). ال الإمبراطورية المغولية تأسست من قبل بابور ، أمير مسلم أصلا من أوزبكستان. تحت المغول في وقت لاحق ، على وجه الخصوص أكبر الكبيرتوصل الأباطرة المسلمون ورعاياهم الهندوس إلى فهم غير مسبوق وخلقوا دولة جميلة ومزدهرة متعددة الثقافات والأعراق ومتنوعة دينياً.
في عام 1206 ، السابق مملوكي غزا العبد المسمى قطب الدين أيباك شمال الهند وأسس مملكة. سمى نفسه سلطان دلهي. كان Aibak متحدثًا تركيًا من آسيا الوسطى ، وكذلك مؤسسي ثلاث من سلطنة دلهي الأربعة التالية. حكم ما مجموعه خمس سلالات من السلاطين المسلمين الكثير من شمال الهند حتى عام 1526 ، عندما بابور اجتاحت أفغانستان لتأسيس سلالة المغول.
في عام 1221 ، فر السلطان جلال الدين مينبورنو من عاصمته في سمرقند ، أوزبكستان. سقطت إمبراطوريته خوارزميد في جيوش جنكيز خان المتقدمة ، وقتل والده ، لذا فر السلطان الجديد جنوبًا وشرقًا إلى الهند. في نهر السند في ما يعرف الآن بباكستان ، قبض المغول على مينغبورنو وقواته المتبقية البالغ عددها 50.000. كان الجيش المغولي قويا 30،000 فقط ، لكنه علق الفرس ضد ضفة النهر وأهلكهم. قد يكون من السهل أن تشعر بالأسف على السلطان ، لكن قرار والده بقتل مبعوثين المغول كان الشرارة الفورية التي
انطلقت الفتوحات المغولية من آسيا الوسطى وما وراءها في المقام الأول.كانت سلالة تشولا في جنوب الهند واحدة من أطول السلالات في تاريخ البشرية. تأسست في وقت ما في القرن الثالث قبل الميلاد ، واستمرت حتى عام 1250 م. لا يوجد سجل لمعركة حاسمة واحدة. بدلاً من ذلك ، نمت إمبراطورية بانديان المجاورة بكل بساطة في القوة والنفوذ إلى حد أنها طغت على نظام شولا القديم وأخمدته تدريجياً. كانت هذه الممالك الهندوسية بعيدة بما فيه الكفاية جنوبًا للهروب من تأثير الغزاة المسلمين القادمين من آسيا الوسطى.
في عام 1290 ، سقطت سلالة المماليك في دلهي ، ونشأت سلالة خلجي في مكانها لتصبح الثانية من العائلات الخمس التي تحكم سلطنة دلهي. بقيت سلالة خلجي في السلطة فقط حتى عام 1320.
خلال فترة حكمهم القصيرة التي امتدت 30 عامًا ، نجحت سلالة خلجي في صد عدد من الغارات من الإمبراطورية المغولية. المعركة النهائية الحاسمة التي أنهت محاولات المغول للاستيلاء على الهند كانت معركة جالاندهار عام 1298 ، حيث قام جيش الخلجي بذبح حوالي 20000 من المغول وطرد الناجين من الهند حسن.
في عام 1320 ، سيطرت عائلة جديدة من الدم التركي والهندي المختلط على سلطنة دلهي ، بداية فترة سلالة تغلق. تأسست من قبل غازي مالك ، توسعت سلالة تغلق جنوبًا عبر هضبة ديكان وغزت معظم جنوب الهند للمرة الأولى. ومع ذلك ، لم تستمر هذه المكاسب الإقليمية لفترة طويلة. بحلول عام 1335 ، تقلصت سلطنة دلهي إلى منطقتها المعتادة في شمال الهند.
ومن المثير للاهتمام أن الرحالة المغربي الشهير ابن بطوطة كان بمثابة قاضي أو قاضي إسلامي في محكمة غازي مالك ، الذي تولى العرش غياض الدين تغلاق. لم يكن معجبًا بشكل جيد بالحاكم الجديد للهند ، واستنكر أشكال التعذيب المختلفة المستخدمة ضده الناس الذين فشلوا في دفع الضرائب ، بما في ذلك تمزق أعينهم أو الرصاص المصهور تدفقت بهم الحناجر. شعر ابن بطوطة بالذعر بشكل خاص من أن هذه الفظائع ارتكبت ضد المسلمين وكذلك الكفار.
مع تضاؤل قوة تغلق بسرعة في جنوب الهند ، هرعت إمبراطورية هندوسية جديدة لملء فراغ السلطة. ستحكم إمبراطورية فيجاياناغارا لأكثر من ثلاثمائة سنة من كارناتاكا. جلبت وحدة غير مسبوقة إلى جنوب الهند ، تقوم أساسًا على التضامن الهندوسي في مواجهة التهديد الإسلامي المتصور للشمال.
على الرغم من أن Vijayanagara كانت قادرة على توحيد جزء كبير من جنوب الهند ، إلا أنها سرعان ما فقدت هضبة Deccan الخصبة التي تمتد عبر محيط شبه القارة إلى سلطنة مسلمة جديدة. تأسست سلطنة بهماني على يد متمرد تركي ضد الطغاليين يدعى علاء الدين حسن بهمن شاه. انتزع الديكان بعيدًا عن فيجاياناغارا ، وبقيت سلطنته قوية لأكثر من قرن. ومع ذلك ، في عام 1480 م ، دخلت سلطنة بهماني في انخفاض حاد. بحلول عام 1512 ، انفصلت خمس سلطنة أصغر. بعد خمسة عشر عامًا ، اختفت ولاية بهماني المركزية. في معارك ومناوشات لا تعد ولا تحصى ، تمكنت الدول الخلف الصغيرة من درء الهزيمة الكاملة من قبل إمبراطورية فيجاياناجار. ومع ذلك ، في عام 1686 ، الإمبراطور القاسي Aurengzeb من المغول غزا آخر بقايا سلطنة بهماني.
سلطنة مادوراي ، والمعروفة أيضًا باسم سلطنة معبر ، كانت منطقة أخرى يحكمها التركية والتي تحررت من سلطنة دلهي. واستندت سلطنة مادوراي ، التي تقع في أقصى جنوب تاميل نادو ، إلى 48 سنة فقط قبل أن تغزوها مملكة فيجاياناغارا.
انتهى القرن الرابع عشر من التقويم الغربي بالدم والفوضى لأسرة تغلق في سلطنة دلهي. غزا الفاتح المتعطش للدماء تيمور ، والمعروف أيضًا باسم تميرلان ، شمال الهند وبدأ في غزو مدن تغلق واحدة تلو الأخرى. تم ذبح المواطنين في المدن المنكوبة ، وتم تكديس رؤوسهم المقطوعة في أهرامات. في ديسمبر 1398 ، استولى تيمور على دلهي ، ونهب المدينة وذبح سكانها. تمسك الطغلاق بالسلطة حتى عام 1414 ، لكن عاصمتهم لم تتعافى من رعب تيمور لأكثر من قرن.