من بين الخيارات العديدة ، هذه البقع الخمسة هي الأكثر شيوعًا ، بدءًا ببروميد إيثيديوم ، وهو الأكثر استخدامًا. عند العمل مع هذه العملية ، من المهم ألا تعرف فقط الاختلافات بين البقع ولكن المخاطر الصحية المتأصلة.
من المحتمل أن يكون بروميد إيثيديوم أكثر الصبغة المعروفة المستخدمة لتصور الحمض النووي. يمكن استخدامه في خليط الجل ، العازلة الكهربي ، أو لصبغ الجل بعد تشغيله.
تلتصق جزيئات الصبغة بشرائط DNA وتتألق تحت ضوء الأشعة فوق البنفسجية ، مما يوضح لك بالضبط مكان العصابات داخل الهلام. على الرغم من ميزته ، فإن الجانب السلبي هو أن بروميد إيثيديوم مادة مسرطنة محتملة ، لذلك يجب التعامل معها بعناية كبيرة.
يمكن استخدام صبغة الذهب SYBR لصبغ الحمض النووي المزدوج أو المفرد أو صبغ الحمض النووي الريبي. ذهب SYBR Gold إلى السوق كواحد من البدائل الأولى لبروميد إيثيديوم ويعتبر أكثر حساسية.
لأن الفلورة من الجزيء غير المنضم منخفضة للغاية ، ليس مطلوبًا الإزالة. قامت المسابير الجزيئية الحاملة للترخيص (منذ إطلاق SYBR Gold) بتطوير وتسويق SYBR Safe و SYBR Green وهما بدائل أكثر أمانًا لبروميد الإيثيديوم.
تم تحسين بقع SYBR Green I و II (مرة أخرى ، يتم تسويقها بواسطة مجسات جزيئية) لأغراض مختلفة. نظرًا لارتباطها بالحمض النووي ، فإنها لا تزال تعتبر مطفرات محتملة ولهذا السبب ، يجب التعامل معها بحذر.
SYBR Green I أكثر حساس للاستخدام مع الحمض النووي المزدوج ، بينما SYBR Green II ، من ناحية أخرى ، هو الأفضل للاستخدام مع الحمض النووي أحادي الجديلة أو الحمض النووي الريبي. مثل بقعة بروميد إيثيديوم الشعبية ، تتألق هذه البقع شديدة الحساسية تحت ضوء الأشعة فوق البنفسجية.
يوصى باستخدام كل من SYBR Green I و II من قبل المصنّع لاستخدامه مع "254 نانومتر إضاءة EPI بولارويد 667 أسود و غشاء أبيض ومرشح فوتوغرافي لطباعة الهلام الأخضر "SYBR" لتحقيق الكشف عن 100 جزء من الغرام من الحمض النووي الريبي أو الحمض النووي ذي الشريط الواحد فرقة.
تم تصميم SYBR Safe ليكون بديلاً أكثر أمانًا لإيثيديوم بروميد وبقع SYBR الأخرى. لا تعتبر نفايات خطرة ويمكن التخلص منها بشكل عام من خلال أنظمة الصرف الصحي العادية (أي في البالوعة) ، لأن اختبار السمية يشير إلى عدم وجود سمية حادة.
اختبار أيضا يشير هناك سمية جينية ضئيلة أو معدومة في خلايا جنين الهامستر السوري (SHE) ، الخلايا الليمفاوية البشرية ، خلايا الليمفوما الماوسية ، أو لوحظ في اختبار AMES. يمكن استخدام البقعة مع transilluminator للضوء الأزرق الذي يسبب ضررًا أقل للحمض النووي الذي يتم تصويره ويوفر كفاءة أفضل للاستنساخ اللاحق.
إنه أيضًا خيار جيد إذا كنت تستخدم مواد هلامية منخفضة الانصهار لاستعادة الحمض النووي. إنه مستقر للغاية عند درجات الحرارة المرتفعة وله مضان منخفض جدًا من تلقاء نفسه ، ولكنه شديد الفلورة عند ربطه بالحمض النووي. كما ثبت أن إيفا جرين لديها سمية منخفضة جدًا أو معدومة الطفرات.